对于seurat作图VlnPlot小提琴图横坐标限定的修改

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前边咱们作念了一个Split小提琴图的函数（ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个精真金不怕火堆叠小提琴图函数））。有小伙伴在实行中提倡了问题，便是横坐标细胞类型celltype的限定是默许罗列的，何如按照我方的条件进行排序，不绝修改函数的神情。其实这个问题是VlnPlot作念的通用问题，和这个函数无关。咱们率先作念一个图：

library(Seurat)library(dittoSeq)library(ggplot2)library(ggpubr)makers <- c('Ltf'，"Ngp"，'Ccl6'，'Srgn'，'S100a9'，'Mmp8'，            'Cstdc4'， "Ccl6"，'Il1b'，'Chn2'，'Stfa2l1'，            'Retnlg'，'Olfm4'，'Cd177'，'Top2a'，'Stmn1')Split_Vln_stacked(mouse_data， feature = makers， split.by = 'orig.ident'，                  split.plot = T， pt.size = 0， size = 10，                   cols = c("limegreen"， "navy")，                  sig_label = 'p.signif'，test = T，test_method = 't.test')

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其实问题的骨子是固定因子限定，催迷口服咱们之前在ggplot作图的时间屡次说起。

unique(Idents(mouse_data))# [1] PMN(3) PMN(2) PMN(1) PMN(0) PMN(5) PMN(6) PMN(4) PMN(7)# Levels: PMN(0) PMN(1) PMN(2) PMN(3) PMN(4) PMN(5) PMN(6) PMN(7)cell_levels <- c("PMN(7)"，"PMN(6)"，"PMN(5)"，"PMN(4)"，                 "PMN(3)"，"PMN(2)"，"PMN(1)"，"PMN(0)")Idents(mouse_data) <- factor(Idents(mouse_data)， levels= cell_levels)Split_Vln_stacked(mouse_data， feature = makers， split.by = 'orig.ident'，                  split.plot = T， pt.size = 0， size = 10，                   cols = c("limegreen"， "navy")，                  sig_label = 'p.signif'，test = T，test_method = 't.test')

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这么就不错开合安祥展示我方细胞类型限定了。以为共享灵验的点个赞、共享下再走呗！